从太平岩寺出来，走到海会桥边，莲池之上矗立的一组建筑群，就是万石莲寺。寺院位于植物园狮山半腰，一座刻有“万笏朝天”巨石的下方，因而得名万石岩寺，亦即万石莲寺。
年出版的《厦门名胜摄影大观》中，列出了厦门旧二十四景，“万笏朝天”即为其中小八景之一。
相传，万石山上没有成片植树之前，放眼望去，漫山的奇石巉岩，掩映于苍松翠柏之间，若人若兽，蹲伏扑击，千姿百态，各具形象。
其中，有成排的岩石，面朝同一个方向，好像古代群臣参加朝会时，拿着“奏板”在朝拜天子，故得名“万笏朝天”。
每当到了一年之中的多雨季节时，山中云雾缭绕，那些奇峰怪石，飘忽在云雾间，若隐若现，另有一番奇幻景色，所以又有“万石锁云”和“狮山晓雾“的美称。
关于万石莲寺的始建年代，向来说法不一。其一说，万石莲寺相传为唐代开元年间，中原陈氏族人入岛所建，是厦门岛上最早的寺庙之一，距今已有千年历史。
其二说，据清乾隆三年（）兴泉永道按察使司朱叔权的《示禁碑》碑文记载称：“查万石一岩创自明季，乃僧维信师祖向定远侯募地建盖。”
定远侯是明末驻守厦门岛的郑联，其总部设在狮山山麓。据历史记载，郑联在厦门拥兵自重，横征暴敛，残害百姓。
南明唐王隆武二年（清顺治七年，）八月中秋，郑成功诱杀郑联于万石山下。由此可见，僧维信的师祖乞地开建寺宇，当在郑联被诱杀之前。
万石岩山上，至今保留下来的不少万石建寺前的诗文题刻，透露了万石造寺前已有道教的宫庙建筑。
其中，明嘉靖年间诗人黄克晦，在题石诗中写道：“结伴遥寻太乙家，巍峨万石映彩霞”，说明明代中期的万石岩，就已成为文人墨客结伴游咏的胜地，而且山上已有道观。
由此可以考证出，万石莲寺，在成为佛寺之前，曾以道观的形式存在过，但正式建寺，应该是在明末，后来又先后历经清康熙年间、民国以及年三次不同时期的重建。
如今，我们看到的万石莲寺的主要建筑群，大多为民国时期与年第三次重建。
走过海会桥，就到了寺院的山门。寺门内侧的对联为“万中添一法，石上悟三生”，“万石”的寺名藏于联首。
走进山门拾级而上，迎面矗立着一座石牌坊，其上镌刻的楹联为“一句弥陀声传鹭岛，千年常住业绍庐山”，是当年弘一法师为会泉法师中兴万石岩寺而写。
石坊左侧，竖有一块《重修万石莲寺功德碑》，记载了民国时期闵中高僧会全法师重建万石莲寺，以及年新加坡宏船法师捐资重修寺院的事迹。
走过石坊，就是寺院主殿大雄宝殿。重檐的大殿屋檐居中，自上而下悬挂着“香光庄严”和“西方三圣”的黑底金字牌匾。
殿内供奉着西方三圣的佛像，因而此地又被称为“小西天”。殿前石阶上的团龙陛石浮雕，十分精美，堪称万石莲寺一处文物瑰宝。
跨过大雄宝殿左侧的月洞门，可见会泉法师纪念室，其后是念佛堂，堂匾为弘一法师所写，当年弘一法师曾在寺内“槐关”闭关三年，并在此堂讲经说法。
堂前有一块名为“聆妙石”的巨石，石上的榕树龙须虬根，榕叉里又有一株寄生树，形成“树包石、树包树”的奇特景观。
“聆妙石”对面还有一块巨石，有石步可以攀登，登上石顶，可览植物园西半园主景、远眺厦门市区的繁华风光。
此外，主殿的背后还有一处观音洞，观音菩萨的石雕像矗立于洞前，左侧巨石上镌刻有《心经》，右侧巨石上刻有硕大的“佛”字，法相庄严。
从寺门前的半月形莲池，到一石雄奇的“万笏朝天”，从山门之上看去犹如居住区的住宅建筑，到独具闽南特色的琉璃屋脊缀饰，无一不彰显出万石莲寺的独特气韵。
万石莲寺，四周巨石林立，很适合镌刻，这里也是万石山石刻较为集中之处，石刻以清代和民国年间居多。其中，乾隆年间诗人黄日纪的题刻赞曰："鹭江富名寺，万石独称最"。
在寺内行走，除了能见到如林的诗文石刻外，岩石上下也别有一番风光。岩上珍木异树、名花奇草，环绕于建筑四周，绮丽清奇。
岩下幽壑清溪，鸣泉滴翠，尤以“小桃源”洞更为奇绝。相传，此洞为明末定远侯郑联，为自己构筑的“地下别墅”。清康熙年间，施琅进行拓建。
进入洞室，可见积沙为峰，有“水心山骨”、“渔洞”、“隐馨”、“水石生花”、“宛似潮音”及其它多处诗联题刻。
洞深约半里，有石凳石床，可容数十人，中有清泉流注，潺潺声响不绝，石上有“水鸣韶”题刻以志景实。“小桃源”为明代纪许国所题，意指此间风光，类似陶渊明描写的“桃花源”！
整体来看，万石莲寺的殿堂、亭台、院舍，依山倚岩而建，高低错落，梵宇琳宫，耸立于绿树、白石、碧水之间，宛若缀在碧螺髻上的一颗闪烁辉亮的红宝石，格外伟丽庄严。
万石莲寺一度由宏船法师的女弟子开因姑负责，现聘请比丘尼释向佛为监院，常住比丘尼5人，菜姑5人，居士2人。
这里规模虽然不大，但精巧别致，自成一格，环境清幽雅静，是一处修行的福地，更是殊胜的清修净土的女众道场。
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